《太平廣記》和馮夢龍的《喻世明言》中都有馬周的傳奇故事。他的與眾不同之處，除了既不是來自功臣豪門，也不是來自科舉考試的“一介草茅”，他還有讓李世民“我暫不見周即思之”的本事。
貞觀初年社會不穩定，他代武夫常何向李世民所陳時政利害，內容除了保證皇帝安全的六街設鼓以代傳呼，飛驛以達警急，宿衛大小交，就是納居人稅搜刮敏財。李世民當然喜歡。后來李世民征高麗回來，他又讓太子“遣所留貴嬪承恩寵者迓于行在，太宗喜悅,高宗曰:‘馬周教臣耳。’太宗笑曰:‘山東輒窺我。錫賚甚厚。”這個山東人摸透了李世民的心理。
《貞觀政要》記載李世民曾對魏征說：“崇飾宮宇，游賞池臺，帝王之所欲，百姓之所不欲。帝王所欲者放逸，百姓所不欲者勞弊。勞弊之事，誠不可施於百姓。朕尊為帝王，富有四海，每事由己，誠能自節，若百姓不欲，必能順其情也。”可是，貞觀十一年，當了侍御史馬周就上書說：“貞觀之初，天下饑歉，斗米值百絹，而百姓不怨者，知陛下憂念不忘故也。今比年豐穰，匹絹得粟十余斛，而百姓怨咨者，知陛下不復念也。”窮的時候百姓不怨，一旦有點富了，百姓反而怨聲四起。隨著國力日強，李世民開始“不復念”百姓，而且“多營不急”，百姓創造的社會財富，被他視作了帝王之欲膨脹的本錢。而百姓的支持率，也從來都不是一定與社會財富的積累成正比的，社會共同努力的結果，百姓當然不樂見被少數人獨享。魏征當時回答：“陛下本憐百姓，每節己以順人，臣聞‘以欲從人者昌，以人樂己者亡。’”但百姓之欲與“以人樂己”的帝王之欲，總是難以調和的，尤其是社會財富積累到了一定程度，這種矛盾就越來越變得尖銳了。馬周指出了短期行為的禍害性，“自夏、殷及漢氏之有天下，傳祚相繼，多者八百余年，少者猶四五百年，皆為積德累業，恩結余人心。豈無辟王？賴前哲以免。自魏、晉以還，降及周、隋，多者不過六十年，少者才二三十年而亡。”所以他指出：“臨天下者，以人為本。”失掉了人心，帝王之欲是很容易破滅的，這也是李世民最為顧忌的。
馬周臨終，親手將上書的稿件燒掉了，說：“管、晏彰君之過，求身后名，吾弗為也。”這句話也告訴人們，鮮為人知的“君之過”一定還有不少，此時已到了唐太宗李世民駕崩的前一年，當年魏征曾把給皇帝提的`建議稿給當時記錄歷史的官員褚遂良觀看。唐太宗懷疑魏征故意博取清正的名聲，心里很不高興。魏征死后，唐太宗不僅解除了衡山公主許配給魏征長子魏叔玉的婚約，還竟然親自砸掉了魏征的墓碑！這不能不說是前車之鑒，也是馬周乖巧的表現之一。
馬周的乖巧還表現在他勸說李世民裝孝。以孝治國的帝王之家，孝道常常是最成問題的，李世民還為自己修建了去京三百余里的九成宮用于避暑，可是太上皇的宮殿不僅在城外而且卑小，世民去避暑了，“太上皇尚留熱所，而陛下自逐涼處”，孝子的“夕視膳而晨昏起居”又如何解決？所以馬周“愿營筑稚堞”為太上皇“起門樓，務從高顯，以稱萬方之望，則大孝昭乎天下矣。”
在用人問題上，李世民不僅曾想讓皇子二十一人任州刺史，子孫世襲；又令功臣長孫無忌等十四人為世襲州刺史，這樣豈不是要國無寧日，所以他必須反對。此外“朝廷獨重內官，縣令、刺史，頗輕其選。”地方上不可避免地由“武夫勛人”外行管內行，京官不稱職了，下放到地方上，重要的邊遠地方有德行的就少之又少了。這是難以改變的利益分配問題，但接下來他又提到無他長處的王長通、白明達等人本來是“樂工輿早雜類”；“韋槃提、斛斯正，則更無他才，獨解調馬。”他沒有講這些人有害于治國，而只強調這些人與士大夫為伍，有失國家的體面。
歐陽修在《新唐書》中不同意馬周自認為自己之才，不異于同樣來自民間的商朝傅說、周朝姜太公。他說：“然（馬）周才不逮傅說，呂望。”這位自學成才，徒步二千里來到京城謀發展的馬周，其成功的關鍵在于“跡夫帝銳于立事，而周所建皆切一時，以明佐圣。”他雖然是個乖巧的人物，但建樹與傅說，呂望確實是無法比擬的，不宜給予過高的評價。
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