作者吳軍通過《硅谷之謎》一書詳細地向讀者介紹硅谷創造的奇跡（第一章）及創造奇跡的內在原因（第三章至第八章），進而讓讀者從中獲得借鑒。
在第一章中，作者介紹了硅谷所創造的奇跡，概括如下：
1、硅谷在源源不斷地孕育出一個個偉大而改變世界的公司的同時，還包容著大量充滿活力、面向全世界的小公司。而且它能夠不斷地通過一種產品，催生出一個大型跨國公司，進而創造出一個新的行業。
2、硅谷在教育和科研上取得諸多成功，并推動世界一流大學發展。
3、硅谷的出現和發展使得風險投資公司不斷續寫著傳奇。
4、硅谷從誕生至今，一直站在產業變革的前沿，兩次都成功地完成產業轉型，長期保持繁榮，引領世界科技發展的潮流。
在第二章中，作者對五種常見的媒體對硅谷成功的解釋進行剖析，并把美國東部的波士頓地區和硅谷地區作為對比，得出結論：氣候的因素、斯坦福的貢獻和風險投資的作用對硅谷的成功有所幫助，但不是決定性因素。而政府的.扶持和對專利的保護與硅谷的成功基本無關。
在第三章至第八章中，作者詳細分析了硅谷成功的原因。
作者從硅谷的起源（第三章）和發展（第四章）歷程中，總結出了硅谷具備的三種獨特之處（第五章），即叛逆精神和對叛逆的寬容、多元文化、拒絕平庸。硅谷絕大多數都是來自世界各地的外來人（淘金者），自然形成多元文化；而淘金者最大共同處就是冒險并深知冒險中獲得成功的是少數，因此他們常常具有叛逆精神，同時也對叛逆極其寬容；而拒絕平庸追求卓越是企業生存的需要。從長遠角度看，叛逆精神和對叛逆的寬容使得硅谷保持創造力，促進硅谷技術進步，進而使得硅谷長期獲益；多元文化給硅谷不斷吸引和匯聚全球精英，使硅谷企業面向全球市場，開發全世界人們使用的產品；拒絕平庸追求卓業是企業生存的需要，高成本淘汰平庸企業，進而促成產業成功轉型，使得硅谷一直處在變革前沿，引領世界科技發展的潮流。
作者通過對比工業時代的科學基礎（第七章）和信息時代的科學基礎（第八章），指出機械思維（傳統思維）方式在信息時代存在局限性，而“三論（控制論、信息論和系統論）”思維方式更適合信息時代。沒有什么工業的硅谷地區不受傳統思維的約束。因此硅谷公司跳過了工業時代的局限，直接采用了適合信息產業發展的思維方式和方法論（三論）。進而形成了獨特的硅谷企業文化和情懷（第六章），即寬容失敗的文化、工程師文化、不迷信權威、扁平式管理和世界的情懷。具有世界的情懷，又具有足夠勇氣不斷挑戰權威和極限，失敗之時又能得到全社會寬容的硅谷企業，通過契約關系聚集了世界精英，最終做到不斷引領世界科技發展的潮流，不斷產生出偉大的公司，并因此而改變了人類的生活。
作者最終指出，硅谷成功的奧妙對于中國的借鑒意義在于，我們需要使用一種全新的思維方式考慮信息時代乃至后信息時代的信息產業和商業。我們必須承認各種不確定性，利用數據和信息消除它們，而不是采用過去那種來自頂層的設計方式去解決問題。我們更多地需要采用一種自底而上，依靠反應而不是預測的工作方式。在公司內部的合作和外部商業的拓展上，我們必須最大限度地利用不斷拓寬的信道，提高效率，降低成本。
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