《內經》否定超自然、超物質的神的存在，認識到生命現象來源于生命體自身的矛盾運動。
素問·靈蘭秘典論
黃帝問曰：愿聞十二臟之相使，貴賤何如?
岐伯對曰：悉乎哉問也!請遂言之。心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治節出焉。肝者，將軍之官，謀慮出焉。膽者，中正之官，決斷出焉。膻中者，臣使之官，喜樂出焉。脾胃者，倉廩之官，五味出焉。大腸者，傳道之官，變化出焉。小腸者，受盛之官，化物出焉。腎者，作強之官，伎巧出焉。三焦者，決瀆之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，氣化則能出矣。凡此十二官者，不得相失也，故主明則下安，以此養生則壽，歿世不殆，以為天下則大昌;主不明則十二官危，使道閉塞而不通，形乃大傷，以此養生則殃，以為天下者，其宗大危。戒之戒之!
至道在微，變化無窮，孰知其原?窘乎哉!消者瞿瞿，孰知其要?閔閔之當，孰者為良?恍惚之數，生于毫厘，毫厘之數，起于度量，千之萬之，可以益大，推之大之，其形乃制。
黃帝曰：善哉!余聞精光之道，大圣之業，而宣明大道。非齋戒擇吉日，不敢受也。黃帝乃擇吉日良兆，而藏靈蘭之室，以傳保焉。
譯文
黃帝問道：我想聽你談一下人體六臟六腑這十二個器官的責任分工，高低貴賤是怎樣的呢?
岐伯回答說：你問的真詳細呀!請讓我談談這個問題。心，主宰全身，是君主之官，人的精神意識思維活動都由此而出。肺，是相傅之官，猶如相傅輔佐著君主，因主一身之氣而調節全身的活動。肝，主怒，像將軍一樣的勇武，稱為將軍之官，謀略由此而出。膻中，維護著心而接受其命令，是臣使之官，心志的喜樂，靠它傳佈出來。脾和胃司飲食的受納和布化，是倉廩之官，無味的陰陽靠它們的作用而得以消化、吸收和運輸。大腸是傳導之官，它能傳送食物的糟粕，使其變化為糞便排除體外。小腸是受盛之官，它承受胃中下行的食物而進一步分化清濁。腎，是作強之官，它能夠使人發揮強力而產生各種伎巧。三焦，是決瀆之官，它能夠通行水道。膀胱是州都之官，蓄藏津液，通過氣化作用，方能排除尿液。以上這十二官，雖有分工，但其作用應該協調而不能相互脫節。所以君主如果明智順達，則下屬也會安定正常，用這樣的道理來養生，就可以使人長壽，終生不會發生危殆，用來治理天下，就會使國家昌盛繁榮。君主如果不明智順達，那麼，包括其本身在內的十二官就都要發生危險，各器官發揮正常作用的途徑閉塞不通，形體就要受到嚴重傷害。在這種情況下，談養生續命是不可能的，只會招致災殃，縮短壽命。同樣，以君主之昏聵不明來治理天下，那政權就危險難保了，千萬要警惕再警惕呀!至深的道理是微渺難測的，其變化也沒有窮盡，誰能清楚地知道它的本源!實在是困難得很呀!有學問的人勤勤懇懇地探討研究，可是誰能知道它的要妙之處!那些道理暗昧難明，就象被遮蔽著，怎能了解到它的精華是什麼!那似有若無的數量，是產生于毫蹻也是起于更小的度量，只不過把它們千萬倍地積累擴大，推衍增益，才演變成了形形色色的世界。黃帝說：好啊!我聽到了精純明徹的道理，這真是大圣人建立事業的基礎，對于這宣暢明白的宏大理論，如果不專心修省而選擇吉祥的日子，把這些著作珍藏在靈臺蘭室，很快地保存起來，以便流傳后世。
拓展閱讀：《內經》名稱的由來
這部古代醫學經典為什么叫《內經》呢?
這是因為古人往往把具有一定法則，又必須學習和掌握的書籍，稱作“經”，如儒家的『六經』、老子的《道德經》，以及進行啟蒙教育的《三字經》等等。
至于『內』，則是與『外』的相對之稱，古時也有《黃帝外經》的記載，只是后來佚亡了。這和《韓詩外傳》、《韓詩內傳》、《莊子》的『內篇』、『外篇』等命名的意義是一樣的，并沒有什么深義。
《內經》加上黃帝的名字，也是崇本溯源之意，旨在說明我國的醫學文化淵源甚早，并非實指是黃帝留下的著作，或黃帝時代就有的著作。事實上，《黃帝內經》是戰國以后的作品，大約成書于秦漢時期，而且既不是成于一個時代，亦不是出自某一人的手筆，而是集體的成果。
《黃帝內經》包括《素問》、《靈樞》兩部分，每部分都有81篇。素，作本質，本性解，問即問題，《素問》就是研究人這個生命體的本質問題的意思。《靈樞》的主要內容是研究針刺法的，因此亦稱為『針經』。靈是靈驗，樞是機要、樞紐之意，『靈樞』的主要涵義就是必須掌握針刺法的樞機要領才能靈驗。
《黃帝內經》的內容除醫學方面外，還涉及到了哲學、天文、物候、歷法等諸多領域，并以這些方面的理論來論證中醫學的醫理。因此，古人稱《黃帝內經》博大精深，為『上窮天紀，下極地理，遠取諸物，近取諸身，更相問難』之作。
由此可見，《黃帝內經》與世界上眾多的其他醫書根本不同之點就在于，它不是一本單純的醫學著作，而是深受古代天文和易學影響，以『天人相應』的為指導思想，以『陰陽五行』為理論基礎，以『取類比象』為研究手段，闡述人與自然以及生理，解剖，病理，診斷和養生防病治病方面的原則問題的綜合性著作。
《黃帝內經》是中醫理論體系的源泉，臨床各科診治的依據，被后世奉為『醫書之宗』。作為中國傳統醫學的理論思想基礎及精髓，在中華民族近二千年繁衍生息的漫漫歷史長河中，它的作用及貢獻功不可沒。
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