藍藻又名藍綠藻，是一類進化歷史悠久、革蘭氏染色陰性、無鞭毛、含葉綠素a，但不含葉綠體(區別于真核生物的藻類)、能進行產氧性光合作用的大型單細胞原核生物。與光合細菌區別是：光合細菌(紅螺菌)進行較原始的光合磷酸化作用，反應過程不放氧，為厭氧生物，而藍細菌能進行光合作用并且放氧。
它的發展使整個地球大氣從無氧狀態發展到有氧狀態，從而孕育了一切好氧生物的進化和發展。至今已有120多種藍細菌具有固氮能力，異常是與滿江紅魚腥藍細菌共生的水生蕨類滿江紅，是一種良好的綠肥。但是，有的藍細菌在受氮、磷等元素污染后引起富營養化的海水“赤潮”和湖泊的“水華”，給漁業和養殖業帶來嚴重危害。
藍藻中無葉綠體
藍藻能進行與高等植物類似的光合作用（以水為電子供體，放出O2），與光合細菌的光合作用的機制不一樣，因此被認為是最簡陋的植物。藍藻沒有葉綠體，僅有十分簡陋的光合作用結構裝置。藍藻細胞遺傳信息載體與其它原核細胞一樣，是百一個環狀DNA分子，但遺傳信息量很大，可與高等植物相比。
藍藻細胞的體積比其它原核細胞大得多，直徑一般在10um，甚至可達70μm（顫藻）。藍藻屬單細胞生物，有些藍藻經常以絲狀的細胞群體存在度，如：屬藍藻門念珠藻類的發菜就是藍藻的絲狀體；做綠肥的紅萍實際上是一種固氮藍藻與水生蕨類滿江紅的共生體。