值得注意的是二級學院不等于獨立學院，獨立學院具有獨立的校園和基本辦學設施，實施相對獨立的教學組織和管理，獨立進行招生，獨立頒發學歷證書，獨立進行財務核算，應具有獨立法人資格，能獨立承擔民事責任。
獨立二級學院和二級學院的區別：
1、“獨立二級學院”由公辦大學設立，以民辦機制進行運作和管理，它依附于公辦大學，又不完全等同于大學里的院系部，在待遇方面，“獨立二級學院”的學生與其他普通本科院校的學生是相同的。
“獨立二級學院”是高等教育改革的產物，雖然其產生的歷史不長，但其數量可謂龐大，而且屬性不一。有“國有民辦”的，也有“合資合作辦學”的，其中原依附于公辦普通高校的最為主要，影響也相對較大，他們屬于“國有民辦”的“獨立二級學院”。
2、獨立學院，是指實施本科以上學歷教育的普通高等學校與國家機構以外的社會組織或者個人合作，利用非國家財政性經費舉辦的實施本科學歷教育的高等學校，因而獨立學院學費是公立大學的三到四倍。