《采草藥》的主旨是批判舊的不合理的采藥方法，說明采擷草藥不可“拘以時月”。文章入筆點出“古法采草藥多用二月、八月，此法殊未當”，表明觀點，這是文章的第一個層次。第二層列舉兩方面的理由加以說明。①草藥使用部位有所不同，采集的時間就不能相同，應根據用根、用葉、用芽、用花、用實不同部位的質量要求，來確立采根、采葉、采芽、采花、采實的最佳時間。“拘以定月”采收百草，雖易辨識，但“在藥則未為良時”。為了證明這一點，作者列舉兩個事例：一是無莖葉時和有莖葉時采擷的蘆菔、地黃的質量截然不同，一是“苗成而未有花時”和“花過”之后采掘的紫草好壞各異，通過這正反兩方面事實的對比，無可辯駁地說明了采集草藥“不可限以時月”的論斷是科學的。②草藥生長條件不同，生長發育必然不同，采藥的時間也應有所不同。土氣有早晚的差別，天時有愆伏的變化，草藥的生長必然受著地勢、物性、地氣、人力等諸方面因素的制約，成熟有早有晚。采擷百草入藥，如果“拘以定月”，必然會影響草藥的藥用質量。作者仍以實例加以說明，說明“地勢高下之不同”對植物的影響時，以“平地三月花”與“深山中則四月花”作比較，并以白居易的詩句“人間四月芳菲盡，山寺桃花始盛開”加以印證。然后列舉了“嶺嶠微草，凌冬不雕；并、汾喬木，望秋先隕；諸越則桃李冬實，朔漠則桃李夏榮”的事實，說明南北植物生長的情況不大相同。接下來，以“一畝之稼，則糞溉者先芽；一丘之禾，則后種者晚實”，說明人力對植物生長發育的影響。第三層以“豈可一切拘以定月哉”收束全文，回應開頭。
文章列舉了充分的事例，通過鮮明的比較，多側面、多角度地說明了采集草藥應該根據具體情況選擇不同的時間，批判了“一切拘以定月”的陳腐觀念。