近年來，隨著電子計算機的普及、網絡技術的飛速發展，我國各高校的會計核算基本實現了會計電算化。計算機代替手工記賬、算賬，改變了傳統的會計核算方式，從而對手工記賬模式下的會計系統控制體系產生了一系列的沖擊，使高校內部會計系統控制與會計核算電算化的矛盾日益凸顯。為保證會計數據的真實性和完整性。
一、會計系統控制概述
會計系統是為確認、匯總、分析、分類、記錄和報告單位發生的經濟業務，并保持相關資產和負債的受托責任而建立的各種會計記錄手段、會計政策、會計核算程序、會計報告制度和會計檔案管理等的總稱。會計系統控制是單位實施內部會計控制活動的重要手段，是保證會計資料真實完整的關鍵。關鍵控制點有以下幾個方面：
會計人員崗位責任控制。
要求高校建立會計人員崗位責任制，在會計機構內部規定各項會計工作崗位的職責和權限，把有關規定、要求等具體落實到每一會計工作崗位，以責定權，責權分明，嚴格考核，有獎有懲，切實做到事事有人管，人人有專責，辦事有要求，工作有檢查。 會計檔案控制。會計檔案是高校經濟活動在會計核算中的綜合反映，會計系統控制要求高校財務機構對會計檔案的收集、整理、鑒定、編目、查閱、交接和有效利用等形成一整套的規章制度。 會計信息控制。要求對高校的所有經濟業務都要及時、準確、系統、完整地予以反映并進行監督，從而保證會計信息的質量。
(1)會計憑證控制要求高校所有的經濟事項都必須獲得合法的.原始憑證，經專人審核符合真實性、完整性要求后才能作為編制記賬憑證的依據，還要在記賬憑證的填寫、記賬、過賬、傳遞、簽章等方面加以控制，保證會計憑證的真實性和完整性;
(2)會計賬簿控制要求高校按國家統一的會計制度規定設置會計賬簿，按時間順序將審核無誤的記賬憑證內容分類記入賬簿，并在會計賬簿啟用、登記、更正、對賬和結賬等各環節進行控制，使單位的經濟活動得到全面、連續、系統的記錄;
(3)財務會計報告控制要求高校嚴格以審核無誤的會計賬簿為編制依據，準確、完整、及時反應高校一定時期財務狀況和事業發展成果。
二、會計電算化對會計系統控制的影響
實現會計電算化，由電子計算機代替手工記賬、算賬，改變了傳統的手工會計核算方式而大幅度提高會計工作效率，同時也給會計系統控制帶來了新的問題和挑戰
增加了會計系統控制的對象。手工會計系統是通過授權、審批、不相容職務相分離等方法對財務人員實施控制。實現會計電算化后，財務人員只負責原始數據的收集、審核、錄入記賬憑證數據，賬簿記錄、編制會計報表等工作由計算機系統處理。這樣，會計系統控制由對人的控制轉變為對人和計算機的控制。
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