在給企業帶來便捷的同時也帶來了企業內部控制的新的問題，對企業內部控制提出了新的要求。
一、與傳統會計相比，實行電算化后企業的內部控制環境發生了變化
會計電算化是利用電子計算機進行會計數據的處理，從而實現會計數據處理的電子化操作。由于計算機的介入使得會計核算環境發生了很大變化，會計部門的組成由單純的財務人員轉變為包括財務人員、計算機處理系統的管理人員和計算機專家的組合。這一變革對于提高會計核算的效率，促進會計核算工作的標準統一，提高經營管理水平，促進會計工作的進一步發展，促進會計職能的進一步發揮，提高對經濟活動的監管水平都具有十分重要的作用。
網絡環境下會計信息系統的數據處理突破了原有的封閉式的系統環境。企業的內部控制不再局限于企業的內部，而是擴展到企業與企業之間、企業與客戶之間、企業與國家之間。利用互聯網的優勢可以實現內部控制的宏觀化，擴大企業的內部控制范圍，會計信息的網上實時處理成為可能，原先應由會計人員處理的有關業務事項，現在可能由其他業務人員在終端機上一次完成;原先應由幾個部門按預定的步驟完成的業務事項，現在可能集中在一個部門甚至一個人完成。
二、與傳統會計相比，內部控制的內容也更加廣泛
在電算化方式下，內部控制的內容在傳統方式的基礎上，又出現了許多新的問題，主要有以下幾個方面：
業務信息與財務信息的.有機統一。
當企業的信息集成還僅限于部門內部時，財務人員與業務過程完全脫節，則對于一些不合理的業務，其僅僅只能從財務的角度判斷單據是否可以入賬，如是否有領導簽字、單據是否齊全等，而對業務本身內容的合理性無從判斷，如當一張價格嚴重失真的采購發票傳遞到財務人員這里，由于不知材料的真實價格，其在經過簡單的復核后只能根據發票付款，從某種意義上說，其只能起到一個記錄員的作用而不是控制員的作用。企業內和企業間的信息集成可以提供足夠的信息量，使工作人員可以根據各部門提供的綜合信息判斷業務的合理性，從而避免錯誤的數據進入系統，使工作人員從事后控制轉變為事中控制成為可能。因此，工作人員可以在數據采集端完成更多、更實時的內部控制任務。
人為的干預大為減少。
高度的信息集成使人為的干預大為減少，業務部門人員負責原始電子單據的錄入，很大程度上減少了會計人員的工作量，而且電子單據也可以通過先進的條碼識別技術、電子貨幣轉賬技術等進行錄入和傳遞，從而保證了輸入的快捷和準確，而如果再對電子單據的格式和內容加以規范，就會使記賬憑證的自動生成成為可能。
決策權下移。
由于原始數據采集端前移至業務部門，因此決策權也下移到業務部門，關于業務的審核如其合理性、正確性也由業務部門來負責，會計部門的工作也相應地由核算轉變為管理和決策。
內部控制的外部化。
傳統的企業內部控制側重于內部管理，隨著網絡的發展、信息集成度的提高，企業內部控制的范圍不再局限于企業內部，完全可以通過互聯網進入其合作伙伴的信息系統，實現內部控制的外部化。
三、加強電算化系統的內部控制制度建設的具體措施
保證輸入口數據的正確性。應建立起完善的審核機制，除了軟件自身的檢查控制，審核人員還特別要針對一些軟件無法檢查出的錯誤進行認真的審核，并建立安全有效的數字簽名制度，確保電子單據不會被篡改、假冒、否認，并通過數字簽名技術明確責任。這就要求一切數據的處理方法和過程都必須規范化，并保持準確性和相對的穩定性，這樣才能保證會計信息質量的真實性、完整性和準確性。
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