《專項資金管理辦法》分總則、資金預算與分配、資金使用與撥付、資金管理與監督、附則5章31條，自2012年1月1日起執行，下面是詳細內容。
專項資金管理辦法
第一章 總 則
第一條 為加強財政專項扶貧資金管理，提高資金使用效益，依據《中華人民共和國預算法》和國家有關扶貧開發方針政策等制定本辦法。
第二條 財政專項扶貧資金是國家財政預算安排用于支持各省(自治區、直轄市)農村貧困地區、少數民族地區、邊境地區、國有貧困農場、國有貧困林場、新疆生產建設兵團貧困團場(以下簡稱各地)加快經濟社會發展，改善扶貧對象基本生產生活條件，增強其自我發展能力，幫助提高收入水平，促進消除農村貧困現象的專項資金。
本辦法所指扶貧對象是指根據中央扶貧標準、地方扶貧標準識別認定的農村貧困家庭、貧困人口。
第三條 中央財政預算安排的財政專項扶貧資金按使用方向分為發展資金、以工代賑資金、少數民族發展資金、“三西”農業建設專項補助資金、國有貧困農場扶貧資金、國有貧困林場扶貧資金、扶貧貸款貼息資金。
第四條 財政專項扶貧資金中的以工代賑資金依照發展改革委制定的有關以工代賑管理辦法進行管理。
“三西”農業建設專項補助資金依照財政部會同國務院扶貧辦制定的有關“三西”農業建設專項補助資金使用管理辦法進行管理。
少數民族發展資金、國有貧困農場扶貧資金和國有貧困林場扶貧資金的管理，由財政部分別會同國家民委、農業部、國家林業局，根據資金用途的特點，依據本辦法另行規定。
扶貧貸款財政貼息資金的管理由財政部會同國務院扶貧辦、中國殘疾人聯合會，根據資金用途的特點，依據本辦法另行規定。
第二章 資金預算與分配
第五條 中央財政貫徹中國農村扶貧開發綱要精神，依據減貧工作需要和財力情況，在年度預算中安排財政專項扶貧資金。
地方各級財政根據各地減貧工作需要和財力情況，每年預算安排一定規模的財政專項扶貧資金，并逐年加大投入規模。省級財政安排的財政專項扶貧資金規模應達到中央補助各省(自治區、直轄市)財政專項扶貧資金規模的一定比例，有關資金投入情況作為績效評價的重要因素。
第六條 中央財政專項扶貧資金主要投向國家確定的連片特困地區和扶貧開發工作重點縣、貧困村，其中新增部分主要用于連片特困地區。
中央財政專項扶貧資金分配堅持向西部地區(包括比照適用西部大開發政策的貧困地區)、貧困少數民族地區、貧困邊境地區和貧困革命老區傾斜。
第七條 中央財政專項扶貧資金主要按照因素法進行分配。資金分配的因素主要包括各地扶貧對象規模及比例、農民人均純收入、地方人均財力、貧困深度等客觀因素和政策性因素。客觀因素指標取值主要采用國家統計局等有關部門提供的數據。政策性因素主要參考國家扶貧開發政策、中央對地方扶貧工作考核及財政專項扶貧資金使用管理績效評價情況等。
地方各級財政安排的財政專項扶貧資金應主要采取因素法分配，資金分配的因素及指標取值由各地自行確定。
第三章 資金使用與撥付
第八條 各地應按照國家扶貧開發政策要求，結合當地扶貧開發工作實際情況，緊密圍繞促進減貧的目標，因地制宜確定財政專項扶貧資金使用范圍。各地確定的'財政專項扶貧資金使用范圍必須遵循如下基本方向：
(一)圍繞培育和壯大特色優勢產業，支持扶貧對象發展種植業、養殖業、民族手工業和鄉村旅游業;承接來料加工訂單;使用農業優良品種、采用先進實用農業生產技術等。
(二)圍繞改善農村貧困地區基本生產生活條件，支持修建小型公益性生產設施、小型農村飲水安全配套設施、貧困村村組道路等，支持扶貧對象實施危房改造、易地扶貧搬遷等。
(三)圍繞提高農村扶貧對象就業和生產能力，對其家庭勞動力接受職業教育、參加實用技術培訓給予補助。
(四)圍繞幫助農村扶貧對象緩解生產性資金短缺困難，支持貧困地區建立村級發展互助資金，對扶貧貸款實行貼息等。
(五)圍繞編制、審核扶貧項目規劃，實施和管理財政專項扶貧資金和項目而發生的項目管理費。
第九條 財政專項扶貧資金及中央財政專項扶貧資金項目管理費不得用于下列各項支出：
(一)行政事業單位基本支出。
(二)各種獎金、津貼和福利補助。
(三)彌補企業虧損。
(四)修建樓、堂、館、所及貧困農場、林場棚戶改造以外的職工住宅。
(五)彌補預算支出缺口和償還債務。
(六)大中型基本建設項目。
(七)交通工具及通訊設備。
(八)城市基礎設施建設和城市扶貧。
(九)企業擔保金。
(十)其他與本辦法第八條使用規定不相符的支出。
第十條 中央財政根據補助地方財政專項扶貧資金規模(不含扶貧貸款貼息資金)，按照2%的比例提取項目管理費。各地不得再以任何理由、任何方式從中央財政補助地方財政專項扶貧資金中提取任何費用。
中央財政提取的財政專項扶貧資金項目管理費，依據補助地方的財政專項扶貧資金規模(不含扶貧貸款貼息資金)分配地方使用。其中安排到縣級的比例不得低于90%。
中央財政專項扶貧資金項目管理費實行分賬管理，專門用于扶貧規劃編制、項目評估、檢查驗收、成果宣傳、檔案管理、項目公告公示、報賬管理等方面的經費開支，不得用于機構、人員開支等。
第十一條 地方財政部門可以根據扶貧開發工作需要，預算安排一定規模的財政專項扶貧資金項目管理費，或者比照中央財政提取財政專項扶貧資金項目管理費的比例，從地方財政本級安排的財政專項扶貧資金中提取項目管理費。安排或提取項目管理費的規模及具體比例、分配和使用管理辦法由各地自行確定。
第十二條 各地要充分發揮財政專項扶貧資金的引導作用，拓寬扶貧開發投入渠道，加大整合支持農村貧困地區各類資金的力度，統籌安排、集中使用，以提高資金使用效益。
第十三條 財政部在國務院扶貧開發領導小組批準年度資金分配方案后，及時將中央財政專項扶貧資金撥付到各省(自治區、直轄市)財政廳(局)，上劃新疆生產建設兵團財政專項扶貧資金預算指標。
財政部采取提前下達預算等方式，將中央財政專項扶貧資金按一定比例提前下達各省(自治區、直轄市)財政廳(局)。
第十四條 各省(自治區、直轄市)財政廳(局)要加快財政專項扶貧資金執行進度。收到中央財政專項扶貧資金撥款文件后，及時將資金下撥到縣(市、旗、區)，同時將撥款文件報送財政部。
第十五條 財政專項扶貧資金使用中屬于政府采購范圍的，應當按照政府采購有關規定執行。
第十六條 各級財政部門及新疆生產建設兵團要按照財政國庫管理制度的有關規定，及時辦理財政專項扶貧資金支付手續。
第四章 資金管理與監督
第十七條 與財政專項扶貧資金使用管理相關的各部門根據以下職責分工履行財政專項扶貧資金使用管理職責。
(一)財政部門負責財政專項扶貧資金的預算安排、撥付、管理和監督檢查，會同相關部門擬定補助地方財政專項扶貧資金的分配方案。
(二)財政部商國務院扶貧辦擬定補助地方財政專項扶貧資金(發展資金)的分配方案。
發展改革委商財政部、國務院扶貧辦擬定以工代賑資金分配方案。
國務院扶貧辦商財政部匯總平衡提出統一分配方案，上報國務院扶貧開發領導小組審定。由國務院扶貧開發領導小組通知各省(自治區、直轄市)人民政府，同時抄送各省(自治區、直轄市)財政廳(局)、發展改革委和扶貧辦。發展改革委下達以工代賑計劃，財政部撥付資金。
(三)財政部門要加強財政專項扶貧資金的日常管理和監督檢查，扶貧、發展改革、民委、農業、林業、殘疾人聯合會等部門要加強相關財政扶貧項目的管理，確保項目實施進度，充分發揮財政專項扶貧資金使用效益。
(四)國務院扶貧辦、發展改革委、國家民委、農業部、林業局、中國殘疾人聯合會等部門應及時將年度財政專項扶貧資金使用管理情況報送財政部，發展改革委、國家民委、農業部、林業局、中國殘疾人聯合會等部門的報告同時抄送國務院扶貧辦。